Die notwendige und sorgfältige Vorbereitung der Betriebsprüfung, die in der Hektik des Tagesgeschäfts oft untergeht, ist von herausragender Bedeutung für ein gutes Ergebnis. Meist wird erst im Nachhinein deutlich, was in der Vorbereitung alles übersehen und vergessen wurde.
Wichtige Konfliktfelder sollten unbedingt so früh wie möglich im Vorfeld antizipiert werden. Insbesondere ist vorher festzulegen, welche Verträge, Urkunden, Belege und sonstige Unterlagen dem Prüfer zur Verfügung gestellt werden sollen. Die unsortierte und unvorbereitete Übergabe von Belegen kann sich als fatal erweisen. Auch machen lange Verzögerungen bei der Beschaffung der von der Betriebsprüfung geforderten Unterlagen keinen guten Eindruck. Werden Mängel festgestellt, sind ggf. im Vorfeld die Instrumente der Berichtigung nach § 153 AO und der Selbstanzeige zu prüfen.
Sonderfälle stellen Schätzungen im „bargeldintensiven Handel“ dar. Die Finanzverwaltung sieht sich hier nach eigenen Aussagen konfrontiert mit einem Verfall der Steuerehrlichkeit großen Ausmaßes (Wähnert, StBp 2010, 1ff). Die Erlösverkürzung geht hier häufig überein mit einer Verkürzung der Wareneinkäufe und dem „Tuning“ der Personalausgaben zwecks Verkürzung der Sozialabgaben. Um der angenommenen Steuerhinterziehung Herr zu werden, setzt die Finanzverwaltung in solchen Fällen auf erhöhte Anforderungen an die Kassenführung, auf die Aufbewahrung von Originalunterlagen, moderne digitale Prüfungsverfahren, das Mittel des Steuerstrafrechts (parallele Einleitung eines Strafverfahrens) und neue gesetzliche Ordnungsvorschriften für die Buchführung und Aufzeichnungen (§ 146 AO).
In dieser für alle Beteiligten (auch für das Finanzamt mit seinen beschränkten Personalressourcen) misslichen Situation bietet sich oft eine einvernehmliche Steuerschätzung als adäquate Lösung an. Ziel ist in vertretbaren Fällen – möglichst bereits in einem frühen Verfahrensstadium – eine sogenannte tatsächliche Verständigung mit dem Finanzamt (Wähnert, StBp, 2011, 1ff). Bei geschickter Handhabung kann so meist auch die Einleitung eines Steuerstrafverfahrens ganz vermieden oder zu einem frühen Abschluss gebracht werden, bevor durch weitere Maßnahmen wie Durchsuchungen und Zeugenbefragungen von Mitarbeitern weiterer Staub aufgewirbelt wird. Ob jedoch das Mittel der Schätzung für den Unternehmer sinnvoll ist, kann letztlich nur im Einzelfall aufgrund der Abwägung aller Umstände entschieden werden.